1956年5月，浙江昆苏剧团进京演出《十五贯》，轰动首都剧坛。同年11月，北京组成了以韩世昌、白云生等为主演的北方昆曲代表团，参加了南北昆曲观摩演出大会。周恩来总理当即指使在此基础上成立北方昆曲剧院，明确规定要“继承与发展昆曲艺术，以演出为主，同时从事对昆曲艺术的发掘、研究与整理工作，并在条件许可下进行革新的尝试。”从建院初期的成员看，该剧院保存着北昆、南昆和京昆的艺术特色，并相互融合。“文革”期间，北昆遭受了重大打击。十年浩劫之后，剧院得以逐渐恢复。
多年来，北昆涌现出大批艺术人才。中青年演员洪雪飞、侯少奎、蔡瑶铣、杨凤一、刘静等在老一代表演艺术家马祥麟、侯玉山及南昆名宿姚传芗、周传瑛等悉心传授下，渐臻成熟，自1985年至1996年先后分获中国戏剧梅花奖。