字公肃，号立斋。昆山玉山人。清顺治十六年（1659年）中进士第一名，授翰林院修撰。顺治十八年，靖市王耿继茂与子耿精忠欲以二千金作路费邀元文往广东，被拒斥之。康熙八年（1669年），任国史院修撰、秘书院待读，主考陕西乡试。不久，升国子监祭酒。在任4年，兴人才，崇教化。所列的国子监条文规定极为严格，即便"满洲弟子不率教者"亦"必加挞责"，而从不稍有怠懈。康熙十二年，奉旨教习庶吉士。康熙十三年任内阁学士、《太宗实录》副总裁。康熙十五年，任翰林院掌院学士，殿试读卷官、《孝经衍义》总裁，主持武科会试。康熙十八年监修《明史》。康熙十九年，迁左都御史。上疏清除三叛（平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂）虐政，停捐纳。又分条陈述督、抚、藩、桌有"不举其职"、"功过无准"、"察吏不严"、"心多侥幸"四大弊端的意见。禁科道勿交督抚结纳外吏。福建总督姚启圣屡次欺骗朝廷，浙江副都统高国相恣欲害民，巡盐御史阚某徇私庇护贪官，元文不畏强御，上疏弹劾。康熙二十二年掌计典。不久，入内当值。后《大清一统志》馆初开，兼任副总裁。康熙二十七年任刑部尚书，十日后改户部尚书，清理刑狱。康熙二十八年任文华殿大学士兼翰林院事。康熙二十九年夏，因亲属、门客在乡依势横行，争利害民，被参劾解职。南归途经山东临清时，守关的官吏欲构其罪，登船搜索，唯有图史数卷和光禄馔金300两。返乡未满一年卒。所著有《含有经堂集》30卷、《含经堂书目》、别集2卷等。