朱清原系杨氏家奴，因杀主夺妻而避迹海上，与嘉定人张宣结伙贩私盐，后沦为海盗。因此熟悉南北海道及诸岛门户。后受宋朝廷招安。宋亡后，朱降元。元至元十二年（1275年），任管军千户。至元十三年，受元朝丞相伯颜之命，将南宋库藏图籍海运至大都（今北京）。至元十六年，朱随都元帅张弘范攻克崖山被升为武略将军。至元十九年，朝廷议论运粮路线，他与张宣议奏海运漕粮，被采纳后授为金符千户，负责海运。朱清掌海漕后，合家移居太仓，与总管罗壁、张宣造平底海船60艘，自刘家港运粮4万余石至京师，为元代海运漕粮之始。朱清因运粮有功而升为海道中万户。至元二十二年，运粮10万石，次年增至43万余石，朱清亦被提升为万户。以后，每年自江淮运粮北上至大都。数量逐年增加。另外，还多次开辟海道。至元二十四年，太仓西部水涝成灾，朱清兴役疏浚娄江（浏河）至海口，使上游水患得到缓解。由于疏浚后的娄江江面开阔，巨艘能够进出自如。琉球、日本、高丽等外国商船亦源源不断开进刘家港，进行贸易活动和文化交流。太仓也随之逐渐繁荣和发展。至元二十八年，朱清与张宣请立都运府，以千户、百户属之。朱清被授予昭勇将军、海道都漕运万户。以后，累官至江南行省左丞。朱清的权势很大，财产极多，田地、房屋、粮仓遍布东南。他生性残忍，稍不如意，就将人捆绑并投入海中，人们敢怒而不敢言。后被江南僧人石祖进告发，被捕入狱，后以头撞石，自杀身亡。